Carranza es detenido en Torrelaguna, el 22 de agosto de 1559. Trasladado a Valladolid el 28 del mismo mes.
  El 1 de septiembre el fiscal formula las primeras 31 acusaciones. Oliéndose la trama, y conocedor de las artes de Valdés, inició la recusación, en tiempo y forma, presentándolas el 17 de octubre y reelaboradas el 25. Ante un impacto así impresiona su capacidad de reacción; obviamente si no sabía los detalles si sabía del peligro que corría. Sabía la que le esperaba.
  El 13 de marzo de 1561 el arzobispo de Santiago, Gaspar de Zúñiga y Abellaneda comienza el proceso: a los 50 testigos que depusieron contra Carranza antes de su prisión, se fueron sumando otros muchos citados por el fiscal, a lo largo de 1559 – 1562. Se prolongó hasta 1564, pero estaba terminada en junio de 1562.
  El 26 y 30 de junio de 1562 plantea de una forma nueva su causa mediante los abonos, indirectas y tachas.
  Era en la época de público conocimiento que se tramaba la caída de Carranza, y él andaba prevenido: no hay constancia de que sabedor de esa trama intentara mitigarla, negociando o haciendo componendas, o que tratara de zafarse de alguna manera: sabía que iban por él, y les esperó. 
  Al final, sumaron 2119 acusaciones de herejía o sospechosas, cuando menos.
  Melchor Cano, o Domingo de Soto, declararon contra Carranza: quince años después de iniciado el proceso; evidencian con su actitud que aquello fue algo más que un simple proceso, era un magma activo en la sociedad durante todo el tiempo que duró, y duró mucho.
  In rigore, ut jacent: el inquisidor general Valdés imponía esa norma bajo pena de excomunión a los declarantes en el proceso.
  Los cargos:
  Menéndez Pelayo: hubo causa suficiente para ello “clara y llanamente afirmo que Carranza escribió y Dogmatizó proposiciones de sabor luterano”  después de estudiarlo dos semanas: obviamente, se queda con el aspecto jurídico y formal del proceso. Y ni aun así le doy la razón.
  Los cargos de la acusación son:
  -Haber creído y dogmatizado el artículo de la justificación conforme al parecer luterano.
  -Haber negado en particulares coloquios la existencia del purgatorio.
  -Haber predicado la satisfacción de Cristo con su muerte y pasión, afirmando que no había pecados para quien esto creía, ni muerte, ni demonios.
  -Haber dicho y afirmado que deseaba hacer a la hora de la muerte, y por testimonio público, renuncia de todas sus buenas obras, contentándose con el beneficio de Cristo.
  -No haber delatado a cierto hereje.
  -Haber dado a sus discípulos un aviso lleno de herejías luteranas.
  -Haber reído y afirmado que no se ha de rezar a los santos el avemaría y el padrenuestro.
  -Haber defendido la certidumbre de la salvación.
  -Haber pronunciado las palabras ego haereo certe, tratándose de controversias con luteranos.
  -Haber afirmado que no hay ni hubo pecado y que sola la pasión de Cristo basta; que Cristo pagó por todos y que todo era perdonado.
  -Haber negado el mérito y haber afirmado que no es menester traer cilicio ni estrecharse tanto.
  -Haber tenido y leído libros heréticos y haber enseñado a sus discípulos por dichos libros.
  -Haber afirmado que ciertos pecadores públicos inveterados no tenían fe.
  -Haber tenido trato con herejes y haberse carteado con ellos.
  -Haber apocado muchas veces el poder del Papa y el valor de las ceremonias.
  -Haber usado en sermones y coloquios el lenguaje luterano con gran escándalo de los oyentes.
  -Haber pedido por carta consejo sobre materias teológicas a un hereje.
  -Haber sido causante de la opinión luterana de muchas personas.
  -Haber compuesto un catecismo con muchos errores y proposiciones heréticas, erróneas, escandalosas y temerarias.
  -Haber defendido con pertinacia estas proposiciones.
  -Haber impedido su cualificación y censura.
  -Haber escrito otras muchas cosas llenas de opiniones y falsas y de mala doctrina.
  -No haber denunciado a personas dañadas de herejías, sino haberlas encubierto.
  La conclusión del fiscal: Consta del arzobispo “haber sido y ser hereje, y haberse apartado de la doctrina evangélica que la Santa Madre Iglesia regida y gobernada por el espíritu santo tiene y enseña y por ello haber caído e incurrido en todas las penas y censuras que, según derecho y sacros cánones, se disponen contra los tales delincuentes.”
  Para Tellechea, Bajo el summum ius se agazapa la summa iniuria.