Carranza es detenido en Torrelaguna, el 22 de agosto de 1559. Trasladado a Valladolid el 28 del mismo mes.
El 1 de septiembre el fiscal formula las primeras 31 acusaciones. Oliéndose la trama, y conocedor de las artes de Valdés, inició la recusación, en tiempo y forma, presentándolas el 17 de octubre y reelaboradas el 25. Ante un impacto así impresiona su capacidad de reacción; obviamente si no sabía los detalles si sabía del peligro que corría. Sabía la que le esperaba.
El 13 de marzo de 1561 el arzobispo de Santiago, Gaspar de Zúñiga y Abellaneda comienza el proceso: a los 50 testigos que depusieron contra Carranza antes de su prisión, se fueron sumando otros muchos citados por el fiscal, a lo largo de 1559 – 1562. Se prolongó hasta 1564, pero estaba terminada en junio de 1562.
El 26 y 30 de junio de 1562 plantea de una forma nueva su causa mediante los abonos, indirectas y tachas.
Era en la época de público conocimiento que se tramaba la caída de Carranza, y él andaba prevenido: no hay constancia de que sabedor de esa trama intentara mitigarla, negociando o haciendo componendas, o que tratara de zafarse de alguna manera: sabía que iban por él, y les esperó.
Al final, sumaron 2119 acusaciones de herejía o sospechosas, cuando menos.
Melchor Cano, o Domingo de Soto, declararon contra Carranza: quince años después de iniciado el proceso; evidencian con su actitud que aquello fue algo más que un simple proceso, era un magma activo en la sociedad durante todo el tiempo que duró, y duró mucho.
In rigore, ut jacent: el inquisidor general Valdés imponía esa norma bajo pena de excomunión a los declarantes en el proceso.
Los cargos:
Menéndez Pelayo: hubo causa suficiente para ello “clara y llanamente afirmo que Carranza escribió y Dogmatizó proposiciones de sabor luterano” después de estudiarlo dos semanas: obviamente, se queda con el aspecto jurídico y formal del proceso. Y ni aun así le doy la razón.
Los cargos de la acusación son:
-Haber creído y dogmatizado el artículo de la justificación conforme al parecer luterano.
-Haber negado en particulares coloquios la existencia del purgatorio.
-Haber predicado la satisfacción de Cristo con su muerte y pasión, afirmando que no había pecados para quien esto creía, ni muerte, ni demonios.
-Haber dicho y afirmado que deseaba hacer a la hora de la muerte, y por testimonio público, renuncia de todas sus buenas obras, contentándose con el beneficio de Cristo.
-No haber delatado a cierto hereje.
-Haber dado a sus discípulos un aviso lleno de herejías luteranas.
-Haber reído y afirmado que no se ha de rezar a los santos el avemaría y el padrenuestro.
-Haber defendido la certidumbre de la salvación.
-Haber pronunciado las palabras ego haereo certe, tratándose de controversias con luteranos.
-Haber afirmado que no hay ni hubo pecado y que sola la pasión de Cristo basta; que Cristo pagó por todos y que todo era perdonado.
-Haber negado el mérito y haber afirmado que no es menester traer cilicio ni estrecharse tanto.
-Haber tenido y leído libros heréticos y haber enseñado a sus discípulos por dichos libros.
-Haber afirmado que ciertos pecadores públicos inveterados no tenían fe.
-Haber tenido trato con herejes y haberse carteado con ellos.
-Haber apocado muchas veces el poder del Papa y el valor de las ceremonias.
-Haber usado en sermones y coloquios el lenguaje luterano con gran escándalo de los oyentes.
-Haber pedido por carta consejo sobre materias teológicas a un hereje.
-Haber sido causante de la opinión luterana de muchas personas.
-Haber compuesto un catecismo con muchos errores y proposiciones heréticas, erróneas, escandalosas y temerarias.
-Haber defendido con pertinacia estas proposiciones.
-Haber impedido su cualificación y censura.
-Haber escrito otras muchas cosas llenas de opiniones y falsas y de mala doctrina.
-No haber denunciado a personas dañadas de herejías, sino haberlas encubierto.
La conclusión del fiscal: Consta del arzobispo “haber sido y ser hereje, y haberse apartado de la doctrina evangélica que la Santa Madre Iglesia regida y gobernada por el espíritu santo tiene y enseña y por ello haber caído e incurrido en todas las penas y censuras que, según derecho y sacros cánones, se disponen contra los tales delincuentes.”
Para Tellechea, Bajo el summum ius se agazapa la summa iniuria.